使用しているバージョンは　FlashDevelop 3.0.6 RTM です。

インストールの方法などはclockmakerさんのブログにとても詳しく載っていますので、まだの方はぜひ。
Flash関係の情報などいつも大変勉強になることが載っています。

• 無料でFlashの制作環境を構築 FlashDevelopとFlex SDKのインストール

それでは、設定方法を説明していきます。

詳しくは以下

プロジェクト作成する

まずはプロジェクトを作成します。
プロジェクト作成時に ActionScript 2のFlash IDE Project を選択します。

私はデザイナーの方との連携でFlash CS3を使用していますが、ASだけでコンパイルする事も可能なようです。
もしもASだけで開発するなら、AS2Project を選択してください。
※AS2Projectでの開発方法は次回詳しく記事にしたいと思います。

外部ASを作成

プロジェクトを作成したディレクトリにclassesディレクトリを作成します。
その中にFlashDevelopで使用するmain.asを作成します。

これをFlashから読み込む方法は、読み込みたいタイムラインで

#include "classes/main.as"

と記述するだけです。

以上です。とても簡単なので開発者の方はぜひFlashDevelopを使用してみてください。
有志の方によりFlashDevelopの日本語サイトもあります。ぜひ一度覗いてみてください。